Escherichia coli (obvykle zkracována jako E. coli) je gramnegativní, fakultativně anaerobní bakterie tvaru tyčinky, která se běžně vyskytuje v dolní části střeva u teplokrevných živočichů (endotermů). Většina kmenů E. coli je neškodná, nicméně některé sérotypy mohou způsobit závažnou otravu potravinami u lidí, a jsou občas odpovědné za stažení výrobků v důsledku kontaminace potravin. Neškodné kmeny jsou součástí běžné střevní flóry a mohou být prospěšné pro hostitele tím, že produkují vitamin K2, a dále tím, že zabraňují osídlení střeva patogenními bakteriemi.

Koliformní bakterie jsou běžným bakteriálním indikátorem hygienické kvality potravin a vody. Koliformní bakterie jsou tyčinkovité gramnegativní nesporulující bakterie, které mohou fermentovat laktózu za vzniku kyseliny a plynu, pokud jsou inkubovány při 35–37 °C. Koliformní bakterie se nacházejí ve vodním prostředí, v půdě a na vegetaci; obecně jsou přítomny ve velkém množství ve výkalech teplokrevných živočichů. Koliformní bakterie obvykle nevyvolávají závažná onemocnění, jsou snadno kultivovatelné a jejich přítomnost slouží jako indikátor přítomnosti jiných patogenních organismů fekálního původu. Mezi tyto patogeny patří například bakterie, viry nebo prvoci a řada mnohobuněčných parazitů.